linux学习笔记：JDK, rJava以及RJDBC

出于某些原因，最近申请了一个虚拟服务器（虽然有现成的R服务器，但是没有sudo总是各种不爽...），然后开始自己折腾linux...（向着码农方向前进，前进，前...）以下为小白笔记，抄在这里防止自己日后翻回来重新折腾一遍。高手请无视～

服务器是公司C3云上的一片，我选的ubuntu 12.04开始折腾。由于是远程server，所以只能shell操作 T_T 看不到ubuntu华丽丽的界面了。

装R倒是不麻烦，把镜像加一下就好了。编辑/etc/apt/sources.list，然后加上这句（看了一下我的ubuntu是precise版本的）。不加这句的后果就是...装了个上个世纪版本的R？

sudo vi /etc/apt/sources.list
deb http://cran.cnr.berkeley.edu/bin/linux/ubuntu precise/ #文件里加上这一行

然后就直接安...

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base

然后就开始折腾RODBC，给teradata跪了，安个teradata ODBC Driver死活不成功，最后请教同事决定投保RJDBC的怀抱。

JDBC基于Java，自然需要装JDK。网上搜了一下，貌似有个open jdk可用。

sudo apt-get install openjdk-7-jdk
sudo update-alternatives --config java #如果已经有多个jre，记得选一个...

然后保险起见，配一下java的路径。

sudo R CMD javareconf

如果看到下面这一段，那么就OK了。

JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/amd64/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

然后就可以开始装R里面的那堆包了。R很神奇，必须sudo R之后install.packages()才有用...可怜我折腾了半天一直报错。
然后发现sudo的问题之后，顺利的装上了RJDBC.

sudo R
 install.packages("rJava")
 install.packages("RJDBC")

然后就是Teradata JDBC Driver了。这厮比ODBC好装的多...基本就是解压...然后就没有然后了。

都弄好了之后，就可以在R里面测试着玩了。

library(RJDBC)

jdbc.drv <- JDBC("com.teradata.jdbc.TeraDriver", c("/home/user_name/terajdbc4.jar", "/home/user_name/tdgssconfig.jar"))
 jdbc.conn <- dbConnect(jdbc.drv, "jdbc:teradata://xxxx", "xxx", "xxxx")

然后就是JDBC的一些相关函数了。

dbSendQuery(jdbc.conn ,"CREATE TABLE XXX AS XXXX WITH DATA;") #只执行不返回结果
dbGetQuery(jdbc.conn ,"sel 1 from xxx") #执行且返回data.frame（fetch完毕的）

然后就可以开始各种蹂躏了。

只是让我不爽的是，折腾了许久也没搞定发email...sendmail、mail什么的都不管用，莫非我SMTP没有配？继续google去了。

-----------------4.3更新----------------

原来C3和LDAP是直接集成的，所以别人的帐号也可以登入我的server。之后，一句命令可以加入sudo组：

sudo adduser username sudo

----------------4.4更新----------------

今天在同事的帮助下搞定了Rstudio Server版，瞬间爽翻了...

以前是ubuntu 12.04下有个东西装不上： libssl0.9.8。因为默认装好了1.0版本的。但是Rstudio现在的版本必须调用0.9.8版本...于是强行装旧版：

sudo wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/o/openssl098/libssl0.9.8_0.9.8o-7ubuntu3.1_amd64.deb
sudo gdebi libssl0.9.8_0.9.8o-7ubuntu3.1_amd64.deb

然后再去装一下Rstudio Server版就好了。

sudo gdebi rstudio-server-0.98.501-amd64.deb

然后为了调RJDBC，配置一下环境变量：

sudo vi /etc/profile

加入这么两行

export JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre"
export PATH=$PATH:$HOME/bin:$JAVA_HOME/bin

然后刷新一下。

source /etc/profile

这样就搞定啦。Rstudio监听在服务器的8787端口。可以直接/server:8787 登入。